Horizon 2020 gliedert sich in drei Schwerpunkte und einige zusätzliche Bereiche:

I. Wissenschaftsexzellenz:

• Europäischer Forschungsrat
• Künftige und neu entstehende Technologien
• Marie-Curie-Maßnahmen
• Forschungsinfrastrukturen

II. Führende Rolle der Industrie:

• Führende Rolle bei grundlegenden und industriellen Technologien
  (Schlüsseltechnologien: IKT, Nanotechnologie, fortgeschrittene Werkstoffe, Biotechnologie, fortgeschrittene Fertigung und Verarbeitung, Raumfahrt)
• Zugang zur Risikofinanzierung
• Innovation in KMU

III. Gesellschaftliche Herausforderungen:

• Gesundheit, demografischer Wandel und Wohlergehen
• Ernährungs- und Lebensmittelsicherheit, nachhaltige Land- und Forstwirtschaft, Marine, maritime und limnologische Forschung und Biowirtschaft
• Sichere, saubere und effiziente Energie
• Intelligenter, umweltfreundlicher und integrierter Verkehr
• Klimaschutz, Umwelt, Ressourceneffizienz und Rohstoffe
• Integrative, innovative und reflektierende Gesellschaften
• sichere Gesellschaften